和硬件项目一样，此次采购涉及的医疗软件系统以及另外1万台电脑的“四川省卫生厅县医院信息化平台建设项目”也受到东软、中软等一些企业的质疑，问题同样是资质加分。
软件项目的招标文件显示“供应商获得省部级及以上科技进步奖”、“参与医疗卫生信息化相关的国家“十一五”、“十二五”、“863”、“技术创新基金重点科研课题或项目”以及参与制定卫生部“卫生信息标准”都可以作为加分项目，这部分分数达到12 .5分。此外，供应商还要提供在川缴纳社保证明材料，要缴纳28份才能获得满分10 .5分。供应商认为这些条款有比较强烈的指向性。
四川卫生厅回应称质疑不合理
面对多方质疑，采购人四川省卫生厅在2011年10月24日发出了《四川省卫生厅关于村卫生室信息化建设项目技术参数质疑的复函》。
四川省卫生厅认为，三大计算机厂商提出的质疑并不合理。
首先，招标文件要求的是大于等于17英寸显示器的宽屏一体机，因此各厂商也可以投报20寸英显示器的机型，同样符合招标要求，不是歧视性条款。政府采购法规定：采购人可以根据采购项目的特殊要求，规定供应商的特定条件，无论是ID C的销售业绩，还是ISO、CO PC-2000和H D I认证都不是专有厂商独有的东西，而是第三方出具的认证，所有厂商都可以去申请，因此不存在差别待遇或者歧视待遇。
其次，针对三家供应商质疑的“能完全按照标书细节要求实现功能的软件为联想独有”这一条，四川省卫生厅解释，随机附赠的应用软件方面，采购人并没有规定必须要计算机生产商编写的软件，供应商可以为本项目采购商用软件，一样可以满足招标文件需求。
至于一体机项目本身的问题，四川省卫生厅认为厂商的观点有失偏颇，采购一体化电脑的决定经过专家论证并无问题。因此决定不予更改，照常招标。
而面对软件部分招标的质疑，四川省卫生厅则不予回应，只是称仍然按招标文件执行。对此，一些软件企业进行了“抵制”，不参加招标，致使两次开标由于没有多少企业参与而以流标告终。
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